Identification de Levures Rares par Séquençage Génétique chez des Patients Atteints d’Infections Respiratoires Basses à Yaoundé, Cameroun : Une Étude Transversale Prospective: Identification of Rare Yeasts by Gene Sequencing in Patients with Lower Respiratory Infections in Yaoundé, Cameroon: A Prospective Cross-Sectional Study

Abstract

RÉSUMÉ
Introduction. Les infections fongiques respiratoires représentent une menace croissante pour la santé publique, particulièrement en Afrique subsaharienne où les capacités diagnostiques limitent souvent l’identification aux espèces les plus communes. Bien que le MALDI-TOF ait transformé la mycologie clinique, certaines levures émergentes échappent encore aux bases de données conventionnelles, entraînant des impasses thérapeutiques. Cette étude visait à identifier, par séquençage de gènes, les levures isolées chez des patients souffrant d'infections respiratoires basses non diagnostiquées par les méthodes usuelles à Yaoundé, au Cameroun. Méthodologie. Nous avons mené une étude transversale et prospective de mai 2023 à août 2025 à l’Hôpital Jamot. À partir de cultures pures, nous avons extrait l’ADN génomique (automate KingFisher, Kit NucléoMag) avant de procéder à une amplification par PCR des régions ITS, TEF et béta-tubuline. Le séquençage a été réalisé sur un analyseur 3500 XL et les séquences ont été comparées aux bases de données MycoBank et NCBI (seuil de similitude \ge 98 %). Résultats. Sur 523 patients inclus (âge moyen 41,1 ans \pm 16,3 ans), 247 souches de levures ont été isolées. Le séquençage a permis d’identifier sept isolats (1,3 %) non résolus par MALDI-TOF. Ces pathogènes comprenaient Candidozyma haemuli (n=4 ; 57 %), Coniochaeta pulveracea (n=1), Debaryomyces nepalensis (n=1) et Pichia barkeri (n=1), représentant l'intégralité des espèces rares identifiées. Conclusion. Le séquençage génétique a permis de diagnostiquer des levures émergentes cliniquement significatives au Cameroun. Cette approche affine la précision diagnostique et souligne la nécessité d'intégrer la surveillance moléculaire dans la prise en charge des pathologies respiratoires fongiques.
ABSTRACT
Introduction. Respiratory fungal infections represent a growing public health threat, particularly in sub-Saharan Africa, where diagnostic capacities often limit identification to the most common species. Although MALDI-TOF has transformed clinical mycology, some emerging yeasts still evade conventional databases, leading to therapeutic failure. This study aimed to identify, through gene sequencing, yeasts isolated from patients with lower respiratory infections that remained undiagnosed by standard methods in Yaoundé, Cameroon. Methods. We conducted a prospective cross-sectional study from May 2023 to August 2025 at Jamot Hospital. From pure cultures, genomic DNA was extracted using the KingFisher automate (NucléoMag Kit), followed by PCR amplification of the ITS, TEF, and beta-tubulin regions. Sequencing was performed on a 3500 XL analyzer, and sequences were compared against MycoBank and NCBI databases (similarity threshold \ge 98%). Results. Among 523 patients included (mean age 41.1 \pm 16.3 years), 247 yeast strains were isolated. Sequencing identified seven isolates (1.3%) that were unresolved by MALDI-TOF. These pathogens included Candidozyma haemuli (n=4; 57%), Coniochaeta pulveracea (n=1), Debaryomyces nepalensis (n=1), and Pichia barkeri (n=1), accounting for all the rare species identified. Conclusion. Gene sequencing successfully diagnosed clinically significant emerging yeasts in Cameroon. This approach refines diagnostic accuracy and underscores the necessity of integrating molecular surveillance into the management of respiratory fungal diseases.